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具体操作：
1. **查询规划文件**：登录当地政府网站或前往规划部门，查询最新的城乡规划、村庄规划等文件，了解自建房的具体建筑规定。
2. **咨询规划部门**：若对规划文件有疑问或不确定，可直接前往当地规划部门咨询，或拨打政府服务热线获取相关信息。
3. **申请审批**：若需改变房屋结构或用途，应按照当地规定向规划部门提交申请，包括建筑设计图纸、用途说明等材料，并等待审批结果。
4. **遵守规定**：在自建房过程中，应严格遵守当地规划、土地管理及建筑规范等相关法律法规，确保建筑设计合法合规。
5. **处理邻里关系**：在自建房过程中，应妥善处理与相邻权益人的关系，避免因设计不当引发邻里纠纷。
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处理方式：
从法律角度看，处理农村自建房后边留窗户门和阳台的问题，常见方式有查询相关规划文件、咨询当地规划部门以及必要时申请审批。首先，应详细查询当地的城乡规划、村庄规划等文件，了解具体的建筑规定。其次，若存在疑问或不确定，可直接咨询当地规划部门或相关政府机构，获取准确信息。若需改变房屋结构或用途，应依法向相关部门申请审批。
选择：根据具体情况选择处理方式。若对规划文件理解清晰且确定无违规风险，可自行决定；若存在疑问或不确定因素，建议咨询专业机构或申请审批。
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农村自建楼房后边能否留窗户门和阳台需视具体情况而定。
分析：从法律角度来看，农村自建房的建筑设计需符合当地的城乡规划、土地管理以及建筑规范等相关法律法规。在江苏省南京市，具体能否在房屋后边留窗户门和阳台，需考虑该区域的控制性详细规划、村庄规划以及具体的建筑规定。若规划或规定中未明确禁止，且不影响相邻权益人的合法权益，理论上是可以留窗户门和阳台的。但需注意，若涉及改变房屋结构或用途，可能需向相关部门申请审批。
提醒：若自建房后留窗户门和阳台导致邻里纠纷或违反相关规划，问题就比较严重了，应及时寻求专业律师或规划部门的帮助。